Processed file: nad6.fas_checked.fasta.aligned.fasta
Number of sequences: 13
Alignment assumed to be: Codons
New number of positions: 300 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI ------------ATTTAT---TTATTTTTAAGTATGTCTACAATAATTAGTATTAGATTA
PAQ ------------ATACTA---ATAAATTTTATTGGGATGATTATTTTCATAATTTTAATA
BAU ------------ATATCA---TGAATACTTTTAGTTATACTTCTACTCTCAATTTCAATA
SVI ATGAACTTTTTAATAAAA---TTAATAGTTCTATTTTCTTCATTTATAAGCTTTCTAATC
FOC ------------ATTAAA---TTAATTATAATAAGTTCTATTATTATTTCTTCAATCATC
FGR_AP ATA---------ACAACTCTAATTTTTATGGGCCTAGCTGTATTTAATTCAATTTGCTTA
FGR_VL ------------ATAGCTTTTTTATTTATCCTGCTAACTATTAATAATTCTATTTGATTA
CTE ---------------------ATAATTTTATTGCTCTCTTTTATAATCAGCAACTTATAC
CAN ATT---CTTGATATTAAA---TTAATATTTATCTCCTCAGTTTTTAGTAGTATAATAATT
OOR ATT------------------ATTTTTTTAACGTTATCTGTGATTGTAAGAACTTTATTT
OVI ------------ATTATA---TTATTTATAATATTATCTGCAACTATTAGTATAACTTTA
TBI ------------ATAAAATTTATAATTATTTTTACATCCTCAATATTAAGAAATATATTC
GHO ATTTCTTATGGTATAAAA---ATTTTATATTTTTCTACTATTATTATAGCTTCAATTTTT
####################################
70 80 90 100 110 120
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI ATAATAGTTTCACACCCAATTGCAATCCTATCATTAATTTTAATACAAACTATAAACTTA
PAQ ATGAGTTCACGCACACCTATTGTAATAATAGGTATTGTTCTGAGTCAATCCATCTTAACT
BAU TTGTCTTCTTCGTCTCCTATTGTGTTTATTATTTTAATTATCACTCAAACTTTATGTATT
SVI ATAAAGACAAATAACCCTATAATATTTACAGTAGTAATCTTACTACAAGCCTTGTTTCTA
FOC ATAATTAATGTCCACCCTATAACATTAATAATTATAATTTTAACCCAAGTATTACTAATT
FGR_AP TGCTTAGTAAACGCCCCTATTTTAATGTTAGCTATTATTTTAATTCAAGCCCTGATAATT
FGR_VL TGTTTTACTAATACCCCTATTCTAATAATAATAATCATTTTATTTCAAGCTATCCTAATT
CTE TTAATTAGAAGACATCCAGTGATATTAATAATATTAATCCTAATCCAAGCAACACTAATC
CAN ATATCAAGCTCACATCCGGTAGCTATCATAGCATACATTCTCATACAAACAATTATTGTA
OOR TACCAAGCTAACCACCCTATCACTGCTATATTAATTATTACATGTCAAACATCACTCCTA
OVI ATAATAATATCTCACCCCATTTCTATTCTAGTTCTTATTTTAATTCAAACAATAAATATA
TBI TTCACTATTAATCACCCTATTGCTCTAGTCATAATAGTACTAACCCAAACCTCCATTTTA
GHO TTAACAAATTCTAGCCCACTAATTATAGTATTAATTATTGGGCTACAAACTCTGATTATA
############################################################
130 140 150 160 170 180
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI TGTTTTCTAATTTGAATGTTAATTAAAATTAATTGACTCCCCTACATTCTGTTCCTAATC
PAQ GCATTATATATCAGATTAAATGCACCCAATTCATGGCTATCTTTTGTATTATTTTTAGTT
BAU TGTTTGTCTATAAAGCTACTCTCTTATTCCCCCATTTTTTCAATAATCCTTTTTTTAATT
SVI TGTATAATAATTTGCTTTTCAATAAATACGTCGTGGTTTTCCTATATTCTCTTTCTTATC
FOC TGCTTAATGAATTGAGGGGTAAATAAAATAAGATGATTTTCCTATGTTCTATTTTTAATT
FGR_AP TGTTTGATAGTAAAAAGATTTTCCAGAATTTCCTGATATTCTTTTATCTTATTTCTTGTA
FGR_VL TGCTTGACTGTAAAATCAATAATTAGAATTTCATGATTTTCATTTATCCTATTTTTAGTA
CTE TGTTTAATCTCCTGACTTTACTTAAAATTTAGCTGATTTGCCTATATTTTATTTTTAGTA
CAN TGTTTAATAGCTTGGATATTTTTAAAAACAAGTTGATTTTCATTTATTTTATTTTTAGTA
OOR TGCTGTTTAATCTTTTTTATCCTTTCCATAAACTGATTCTCTATAATACTATCTCTTATC
OVI TGTCTTATTATTTGAGTAAAAATAAGAACTAGATGATTATCCTACATTTTATTCCTAATT
TBI TGTATATTAATCTTTATAATAACCTCAACTGCTTGATTTTCATTTATATTGTTTTTAATT
GHO TGCTTATCTATTGTTTTTATTATAAATACATCTTGATTCGCATTTATTCTATTTTTAGTA
############################################################
190 200 210 220 230 240
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI TTTTTAGGAGGATTAATAGTTTTATTTATATACGTTACTAGTTTAGCTTCTAACGAAAAA
PAQ TTTTCGGGGGGACTAATAATCTTATTTGTCTATATTACTAGACTTGCATCAAGAGAAGTA
BAU TTTATTGGAGGCATAATGGTCCTATTTTCGTATATTGTAAGACTTACACCTAATAATTCT
SVI TTTTTAGGGGGACTAATGATTATTTTTTCATATGTTTGCAGGTTAGCCTCTAATGAAAGA
FOC TTTTTGGGGGGATTAATGGTACTTTTTATTTATATTACAAGATTAGCTTCTAATGAAAAA
FGR_AP TTTGTTGGAGGACTTATAATTCTATTTATTTATATTGTAAGACTAGCTTCAAATAATAAT
FGR_VL TTTATCGGAGGATTAATGATCTTATTTATTTATATTGTAAGACTAGCTTCTAATAGAAAT
CTE TTCCTTGGGGGGTTAATAGTACTGTTTATTTACATCACTAGCTTAGCTTCAAATGAATTA
CAN TTTTTAGGGGGGCTTATAGTCCTATTTATTTATATTACTAGATTAGCATCTAATGAAATA
OOR TTTATAGGAGGTTTAATAATTTTGTTTGTCTATATTTCTAGTCTAGCTTCTAACGAAAAA
OVI TTTTTGGGGGGGCTAATAGTTTTATTTATATATATTACTAGATTAGCTTCAAATGAAAAA
TBI ATAATAGGAGGTATCATAGTATTATTTATCTATATTGCAAGTCTAGCATCAAATGAAAAA
GHO TTTATAGGAGGACTAATAGTTTTATTTGTTTATATTACCAGATTAGCTTCTAATGAATTA
############################################################
250 260 270 280 290 300
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI TTTGAAATAAATATTGAAGAAATAAAGACAACCGCAGGAATAGGAAGAACTGTAATATTT
PAQ CTAACAAGCCCTGTTAATTTATCTTTTATTGAAATTATATTAAGTAGTCTAGCTTTTATA
BAU GTTATAACTCCTCTACAACTTTTACTATCAAATAAAATAATTTTACTTCTCAGATTTATT
SVI ATTAATATTCAGATTCAGCCGGTATCAATTTCTTCC---ATAGCTCTAGTGAGAACTCTA
FOC TTCAATTTTAACTTAAATTTAGTAATAACAAATATTATATGAGTAATTATTGCAACAGTG
FGR_AP CTTACAATTTCAATAAACAAACCTCTTATTTTTACG------TTATTTAGTTCTTTAATA
FGR_VL TTAACTATCTCACATAATAAATTCTTATTAACCTCT---TTAATTATTATTTCCATCTTT
CTE ATAAAGTATGACTTAAGTTCCTTTACAATGGCAGCA------------GTAATTTTATTT
CAN ATTAAATTAAACTTAAATAATATGCTTTTAACCCTT---TTTACTACAGTGGGGGTAGTA
OOR TTTAAACTTTCTTTCAAAACCATAACTTTACCAATA---ATCTCCTTAGTTACTTATTTG
OVI TTTGAATTAAATGTAAATTCATCCTACAATATAGTT---GTAGGAATAAGATTTTTTTTT
TBI TTTCACTTTAAATATAAAACAGCTATACTTCTACTA---ATACCCATAATTATTGTCATA
GHO TTTCATTTCTCTAGTAAAAATAATAACTTT---------ATTTTATACACAAGTATATTT
###############
310 320 330 340 350 360
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI TTTTCTTTACTAATTGTCTATTTTAAT------------------TTTAATATGCAACCC
PAQ GTTATTTCACAC---AGCTTACTTTCA------------------GACAACTTTATTGAT
BAU CTTTTAATAATAAGCATTTTTTTTAGACTTAAAATTAATTTAATTGAAACTAATACTATG
SVI ---------------ATTCTTTTAAATGGA---------------AGGGAAATTAACCTA
FOC TTATTTTTTATA---ATAATAAAAAAT------------------GAACAATATAATTTA
FGR_AP ATTTTTAGCCTTAGTGTTATAATAACATCAAAA------------AATAACACCCTTAGA
FGR_VL ATCTTTTCTTGA---ATAATTTTAAACGAAAAA------------AACTTTAATTTATCT
CTE ATAGTAAGTACAATAGTCTTCTTTAACTGG---------------AATGGATGCTCATTA
CAN ATAATTATAATA---AGATACTTAAAC------------------CACCAAATAGAACTA
OOR AGTTTAACCTTA------CTATTTAAA------------------GAAAATTATATATTT
OVI ATTATTACTTTTACAACCCTGTTTTTT------------------GATAAGATCAAAACA
TBI TTTATTATATTA---GTACTTTATAAT------------------TCTCAAGACTACTTA
GHO AGTTTATCTTTATTAATAATCTTAACTTTTAAA------------GAAAATCAAAATAAC
370 380 390 400 410 420
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI CCCTTAAATATTTTA------TCCCAACAAAATAGAATA---ATTTTTAGAAGCCCTGTA
PAQ AAAGTAGTCAACTTAAACAAAACTCAAACATTCTACAAA---ATATTTTACTTAGAGAAT
BAU AATAAACCATTTATTAATATTTTAACTTCAATTTTTAAT---GTCTACTCACAT---TCT
SVI ---TCCATGCTAAATGACAGTGTACAAACAATCTTCAAG---ATAATAAGAAAGCTTATA
FOC ---TTAAGATGATTTATTAGATTAAAATCTTTTAACGAA---ATATACTCATTTAGAATA
FGR_AP GGCCCTACTCTAATAGAAACTAAACTATGACTTTTTAAA---ATATATTCTATAACATCT
FGR_VL AAAACAGTCTTTCTTGAAGTTAACCAATGACTCTTTAAG---ATATACTCTAATTTATCC
CTE GATCTTATAATATTTAATAAATCTATTAATTACTTTTCAGGAATATATTCTCTTCCTACT
CAN AAAATAGATTTACTAAACCAAACTAAAACATTTTTTAAT---ATATATTCTTTTGAATCT
OOR AATAACGAGTCAGAAATTTTTGTTTATAATATTTTTTTT---ATATATGCACAAAATATC
OVI ---GCTGAAAATATTACAATTATAAAACAAGCCAGAATA---TTATTTTCTACACCAATG
TBI ---TTTAATTATATTGAATTCAAAACTCTAATTTATTTA---ATTTATTCTCATTACATC
GHO AAACTATTAAATTTAAATATTAAAGAAATAATCTTTAAA---GTATACTCTAACAGAAGA
430 440 450 460 470 480
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI ACATACTTAACATTGATTATTATAAGCTTTCTACTAATTACCCTGGTAGTAGCTGTAAAA
PAQ ATAAACCCTATATTAACATTAATTATTTACCTTTTAGTATGCTTATTAATTGTTGTTAGA
BAU ATATGAATTGTATTTATGATGTTTTTTCTTCTCTTACTCACCTTAATTATTGTAGTCTTT
SVI GTAACGCCGTCAATTGTATCTATATTTTATCTATTAATTACACTAATTGTAATTGTAAAG
FOC TCCCTAATCTCTTTAATAACAATAATTTATTTATTTTTAACTCTGATTGTTGTAGTGAAA
FGR_AP CTGCCTACTATTTTAATGGTAATACTATATCTGTTACTAACCTTAATAATCACAGTCAGA
FGR_VL GCCCACACTATTACTTTAGTTATATTGTATCTTCTTCTCACCTTACTTATCACTGTTAGC
CTE TTTACTTTAATTGGTTTAACTATAATTTACTTGCTTTTTACTCTTATTGTAGTAGTAAAA
CAN TTAACTATAACCGGGCTAGCTATAATTTATCTTCTTTTAACATTAATCGTAGTAGTAAAA
OOR TTTATCCCTGTATTTTTAACTATAAATTATCTTCTTTTAGTTCTAGTAATTTCTGTAAAC
OVI TTTACAATTACTTTTTTAATTATAACTTATTTATTAATAACTTTAATTATCGCAGTAAAA
TBI TTATACCCAACATTAATCTCCATACTATATTTGTTGTTAACCTTAATTATTACAGTAGAC
GHO GTGATATTAACTTCTATGACTATAATTTATTTGCTACTAGTCCTAATTGTAGCTGTTTCT
##########################################
490 500 510 520 530 540
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
OCI ATTACAACAAAATTTGAAGGACCTTTACGCAGTATTTTTCATAAA---------------
PAQ CTAGTGAAAAAAGACCAAGGAACTCTACGCACGACTACCCGT------------------
BAU TGTGTACTTACAAATAGAGGACCAATACGTTCTTTAACTATGAAGTTA---------AAT
SVI ATTTCATTTAAAAAAATGGGGTCCTTACGTTCAAGGAAAAAGTATGATAATTCGAAAAAG
FOC ACAGCCTCTAAATATGAAGGCCCCCTACGAAATATAATTTTT------------------
FGR_AP TTAGTTTTAAAAAAAAGAGGACCATTACGTAGAATTATTTTAAAT---------------
FGR_VL ATTATCTTAAAAAAAAGAGGTCCGTTACGAAGAATTTATTTAAATAAA---------CAA
CTE GTATCTAATAAGTTTGACGCCCCCATTAAAAATATTTTTATT------------------
CAN ATTTCTAATAAGTTTAATGCCCCTATTAAAAATTTAATTTTTGAG---------------
OOR ATTATTAAACTATACGACGCCCCGATACGATCCGGAACAGTT------------------
OVI ATTACTTCAAAATTTGAAGGCCCTTTACGTAGTGTAATTAAAAAA---------------
TBI TTAGTAAAATTATATGAAGCTCCTATCCGATCCTTAACC---------------------
GHO ATTACATCTTTATATGAAGGACCCATTCGAAGAACTACTAAAATT---------------
###########################
Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 7 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 11 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 4 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: None
Flank positions of the 2 selected block(s) Flanks: [25 255] [439 507] New number of positions in nad6.fas_checked.fasta.aligned.fastafasta: 300 (55% of the original 540 positions)