Processed file: nad4L.fas_checked.fasta.aligned.fasta
Number of sequences: 13
Alignment assumed to be: Codons
New number of positions: 240 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI ------ATTTATTATTTAGTTTTTTTTATTGGTTTATTAAGAGGATTTTGAATTTATTGT PAQ ---------------------ATAATTATAGGTGCTTTTGTTAGAATAGCTGTGTATTCT BAU ---------------ATAGTTTTTATAATATGTTTTTTAATAGGAGGTTTAAAAATAAGA SVI ---------ATAAATTATGTTTTTTTTTTAGTTATTTTTAGGGGCTTGTACACATTTTGT FOC ------------ATAATAACAAGATTTTTTATTTTTTCTTTCTGGAATGTGAATTTTGTG FGR_AP ---------ATATATATCTCCTTATGAATTAGTTTAATTTTTGGGGCCTTAAGATTTAGT FGR_VL ---ATAATTATGTTATCTAGTTTATGGATTAGTTTTATTTTAGGGTTTATGAGATTTAGC CTE ---ATACTGATAATTATAGTTGTTATATTTATTTTAATTTCAGGGATATGAATCTTTTCT CAN ------------ATAATAACAAGATTTTTTATTTTTTCTTCGGGCCTATGAATTTTTTGT OOR ------ATAATTTTATTTATAGGGTTACTAATCATTACAGCTGGATTATGAGTGTTTAGA OVI ---------------ATAGTTTTGGGTTTAGGCTTATTTAGAGGACTTTGAATTTTTTGC TBI ---------ATATTTATGGTTAGCGGTTTAATTGTTTTTAGAGGATTATGGATTTTTTGT GHO AAACTTATTACTTGATTTTATTATTTTGTTTTTATTTTTATTGGGGTATGGGTATTTAGT ############################## 70 80 90 100 110 120 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI TCTACACGAGAGCATTTACTTTCTGTTTTAATAAGATTAGAGTATTTAGCGTTAATTATA PAQ TCTTTTGATAAGCATTTACTTAGAACTTTATTGGCGTTAGAGTCTATGGTTTTAGTGGTT BAU AAAGAATTGAAACATTTGTTAATAGTGTTGTTAAGACTAGAGTTTATAATATTAATATTA SVI TCAAAGCGGAAGCATATCCTTCTTATACTTCTTAGTATTGAATTCATAGTCTTAGGTTTT FOC TCTAAGCGTGAACATCTTTTATCTATACTATTAAGATTAGAATATATGAGTTTAGGTGTA FGR_AP CTTTTAATAAAGCATTTATTAGGAATACTTTTAAGATTAGAGTTTTTAGTGTTGTTAGTA FGR_VL GTCATAAGAAGTCAATTACTTGGTATATTACTTTTATTAGAATTTATAGTTTTGTTAGTT CTE TCTAAGCGAGAGCATCTTTTATCCGCGTTATTGAGATTGGAGTATATAAGAATAGGGGTT CAN TCCAAGCGTGAACATCTTCTTTCTGTTTTATTGAGTCTAGAATTTATTAGTTTAGGTGTG OOR TCTAAACGTAAACATATTCTTCTTATACTTCTTAGTTTAGAATATATCGTTTTAGGAATT OVI TCCACCCGAGATCATCTATTGTCAACTTTATTGAGCTTAGAATATATAGCTTTAATTATA TBI TCTAAACGTAAGCATCTTTTGTTAACTTTATTAAGATTAGAATATATTGTTTTAGGTATT GHO TCAAAAAGTAAGCATTTATTAAGAACTTTATTAAGATTAGAGTTTATTGTTCTTGGAATT ############################################################ 130 140 150 160 170 180 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI TTT---TTAGTATTCATTATTTCTTTTTCAGGGGGGTCTCTTTATTATTCTTTTATATAT PAQ TTT---ATATGTGTTGTATTGGTTTTATCGTTGGGTCAGGGGTATATTTCTTTGTTTTAT BAU TTTGCTTTATCTGTGGTAGTTAGAGTCCAATTTATGGGTGTTTACTTATTTATTATTTTA SVI TTC---TTTTCTATTTTATTCTCCCTTAGTTTCAGGAATCTATTCTTTTCCTTAATTTTC FOC TTT---TATATTTTTTTTATATTCATGGGGACTAGAGATTTATTTTATTCTTTATTTTTT FGR_AP TTT---TCATTTATAGTTTTTATACTTAATTTTGGTGTTACTTTTATATCTATAGTGTTT FGR_VL TTC---TCTTCATTCATATTTGTTTTTAGATCGGGAGCTTCTTTTATTGTAGTTGTTTTT CTE TAT---TTATTATTTTTATTTATGCTCAGAAATTTAGATTTATATTATTCTTTGGTTTTT CAN TAT---CTTTTACTTTTACTTTTATTAACCAATTTAGATATATTTTTTTCTTTAATTTAT OOR TTT---TTTATTATACTAAGAAGACTGGGGGCAGGGAGATTATTCTTTTCTCTTTTGTAT OVI TTT---TTATTTTTTGTTTTTTCTTTATTTTTTATGCCTTTATATTATTCTTTAATTTAT TBI TTT---TTAATATTTTTTGTTATTATAAGGAGAGGTTATTTATTTTATTCATTAATTTAT GHO TTT---ATTTATTTTTTTTATTTTTTAAATTACACTATAATATTTTGTTCGTTAATTTAT ### ###################################################### 190 200 210 220 230 240 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI TTAATTATGGCTGCTTGTGAGGGTGCTTTAGGACTATCCATTTTAATTAATATAAACCGC PAQ CTGGTTGTTTCAGTTTGTGAAGGGGCGTTAGGTTTAACGCTACTCGTAGAAATGTCTCGG BAU TTAATTTTTGGTGTATGTGAAGGGGCTTTAGGGTTGACTTTACTAGTAGTATTGGTACGC SVI TTAACATTCACCGCCTGTGAGGGGGCCCTGGGTCTGGGGGTGTTAATTAATATAAGTCGA FOC TTAACTTTCACTGCTTGTGAAGGCGTTATAGGGTTATCTATTTTAGTAATTATAATGCGA FGR_AP TTGGTTTTTAGTGTTTGCGAAGGGGCTTTAGGTTTAACAATTTTAGTAAACATATCTCGA FGR_VL CTAGTTTTTAGTGTGTGTGAAGGAGCTTTAGGGTTGACAATTTTAGTGGGGTTCTCCCGT CTE ATTACCTTTACTGCTTGTGAAGGGGCTTTGGGTCTCTCTATTTTAGTAATAATGAGACGC CAN ATTACATTTACTGCTTGCGAGGGAGCTTTAGGGTTGTCAATTTTAGTTATAATAAGACGT OOR TTAGGGTTTAGAGCTTGTGAGGGGGCTTTAGGACTTTCTATTTTAGTAACCATAAGACGA OVI TTAATTATGGCTGCATGTGAAGGGGCCTTAGGTTTATCTATTTTAATTAATATAAATCGC TBI TTAGTTTTTGGAGCATGTGAAGGGGCATTAGGGTTGTCAATTTTAGTAACAATAAGTCGG GHO TTAATTTTTACAGCTTGCGAAGGGGCTTTAGGTTTAACAATTTTAATTAGAATATCTCGT ############################################################ 250 260 270 280 290 =========+=========+=========+=========+=========+= OCI ACTCACGGGGGGGATTATTTTAAAAGATTTAATTTATTTTTAGTT------ PAQ GTTCACGGTAACGATTACTTAAATTCTTTTTCTTTAGTCTAT--------- BAU AAAATTGGGGGGGATTATTTAAATATTTTTGGGTTATTAATG--------- SVI GTTTACGGGACAGATTATTTTAGAGTATTTAATTTTAATGTATATGATAAT FOC ACTCATGGGGGTGACTATTTTAAGTCTTTTAATTTAGTT------------ FGR_AP GCCTTCGGGGGAGACTATTTGAATATTTTTAGCCTAATAATT--------- FGR_VL GCATTTGGAGGAGATTATTTGAATGCTTTTAGATTAACTGTA--------- CTE ACTCATGGAGGTGATTATTTTAAAAGATTTAATTTAATT------------ CAN ACCCACGGAGGTGATTATTTTAAAAGATTTAGTTTGTTT------------ OOR ACACATGGAGGAGACAATTTTRATTTATTTAATCTGAAT------------ OVI ACTCACGGGGGAGACTACTATAAAAGATTTAATTTGTTTTTACTT------ TBI ACTCATGGGGGGGATAATTTTAATATATTTAATTTAAAT------------ GHO ACTCATGGTGGAGATTATTTTGGTTCTTTTAGTTTAGATTAT--------- #################################
Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 7 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 11 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 4 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: None
Flank positions of the 2 selected block(s) Flanks: [31 123] [127 273] New number of positions in nad4L.fas_checked.fasta.aligned.fastafasta: 240 (82% of the original 291 positions)