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New number of positions: 1125 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI TTG--------------------------------------------------------- PAQ ATA---------------GCACTTTTATTTTATTTTGTTTTCCTAATTCTAGGGTTAATA BAU ATA------------AAAGGATTAGTTTATATTTTTACTTATTCAATT---TTTATTATA SVI ATTATTTTAGAGTATTTAATTTTAATGTATATGATAATTATATTTTTT---TCTTTATTT FOC ATG------------------ATAAAATATTTATTTATAATTATTATA---TCTTTTTTT FGR_AP ATG------------------ATAAAAATAATTATACCTTTAATTTTTTTAGCCTTTGTT FGR_VL ATG------------------ATAAAAATAGTTTTTTCTTTAGTTTTTTTAAGATTAATT CTE ATG---------------------ATAGTAGGTTTAATTTTATTTTCACTAAGAAGAATA CAN ATG---------------------ATATTTATTTTTATTTTTAACTCTTTATTTAGTCTT OOR ATG------------------ATAAAAGTAGGAACTTTAAKAATTATT---ACACTCTCA OVI ATG------------------ATAAAATTTATTTTTTGTCTTTTTTTTAGCTGATTTTCA TBI ATG------------------ATAAAGTTTATTTTTTTGTTGTTTACTTTAGGAGTGGCT GHO ATG------------------ATAAAACTTATTTTTCCAATTATTTTTTTGGGTGTTATA 70 80 90 100 110 120 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AAT------TTATTTTACTTAGATGTAGTATTTTTAAGCTTTGATTTTATATATGATACA PAQ TAC------CCAGAAGATTTACAGGGGGATTATATTAGAGGGCTGGTTTATTTGGACTCT BAU TTT------CCTTTATGAGAGCCTTATAGGGTTTTAAGAAGTGTAGTTTCATTAGATTAT SVI TCC------------TGCACGGGATTCTACTATTACTTGGGATTCATTTATGTGGATTCG FOC ATGTTTAATAATATTATCATAGACGAAATATTAGTAGGCTATTCTATGGTTATTGATTCA FGR_AP TTA------TCTTTAACTGAAGGGATTAAGATTATTTCTTCTTGAGTTACTATGGATGTT FGR_VL ACT------CCTTTAAGTGAAATAATTAAAATTCTTTCTAATTGAGTTGTTCTAGACACT CTE ---------AATTATCAAGATTCCTATTCTTTAGAAGTTATAAATTTATATTTAGATAGA CAN ---------AATTTCAGAGAGTTTTATTATATTGGTGAATTAAACACTTATTCTGATTCT OOR ATG------CCTCTAATAGAGATAATGGAGTTTCATACTTCTTGGTTGGTATTAGACTTT OVI AAT------TTTTTTTTTTCTAGTAATTTTTTATTAAATATTGATTTAGGTATAGATATA TBI AGT------CCTTTAAGAGAGATTTATATTTATTATTTTCTTGAATGAGGAGTTGATTTT GHO ATA------CCTTTAATTGAGTTATTAAAAATTGTCAGAGTTTGAGTATTAGTAGATTCT ############ 250 260 270 280 290 300 =========+=========+=========+=========+=========+=========+ OCI 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Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 7 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 11 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 4 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: None
Flank positions of the 5 selected block(s) Flanks: [148 171] [229 321] [337 579] [637 1332] [1360 1428] New number of positions in nad4.fas_checked.fasta.aligned.fastafasta: 1125 (78% of the original 1440 positions)